设立8个内设机构：

    1.办公室。负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作。负责机关日常工作的协调和督查。负责信息、新闻、统计、安全、保密、信访、政务公开、综合目标考核、年报、机关后勤等工作。负责拟订本系统发展战略、中长期规划、重大决策和年度工作计划。负责起草重要综合性文稿，组织开展理论研究和交流活动。负责推进司法行政改革工作。负责本系统的预决算、财务管理、物资装备、国有资产管理、政府采购和后勤管理工作，拟订经费保障、财务管理和装备管理制度，指导直属单位及各基层司法所的财务管理工作。负责对局机关和直属单位的内部审计工作。负责本系统的信息化建设工作。负责本系统应急处突指挥、组织开展应急演练和应急培训工作。负责本系统的警车管理工作。

    2.政工科。负责本系统党的建设、纪检监察、机构编制、干部人事、统战、武装、群团、扶贫、督察和退休人员管理工作。负责本系统干部队伍建设和作风建设。负责本系统意识形态、精神文明建设、宣传教育和舆情管理工作。

    3.普法与依法治理科。负责拟订法治宣传教育规划并组织实施。组织实施县级部门普法责任制工作，指导、监督各乡镇（街道）、各部门“谁执法谁普法”的普法责任制落实工作，推进全民普法。组织实施县级层面大型普法活动。指导、监督、组织国家工作人员学法用法工作。指导各乡镇（街道）、各部门、各行业依法治理和法治创建工作。指导社会主义法治文化建设工作。

    4.法制科。健全全县规范性文件监督管理制度并组织实施。承办县政府规范性文件向市政府报送备案工作；承担对各乡镇（街道）、各部门规范性文件的备案审查工作；负责组织全县规范性文件的清理工作。指导全县规范性文件制定和备案审查工作，受理公民、法人和其他组织对县政府、各乡镇（街道）以及各部门规范性文件审查的请求。负责行政执法的综合协调工作。指导、监督全县行政执法工作。负责协调推进行政执法体制改革，协调行政执法的普遍性重要性问题和行政执法争议。承办相关法律、法规、规章执行情况的监督检查。负责对行政执法责任制落实情况进行监督检查和考核评价。承担行政执法主体和行政执法人员管理工作。指导、监督行政裁决工作。统筹、承办县司法局承担、参与全县的有关深化改革工作。负责县司法局重大决策、规范性文件、重大合同的合法性审查。负责本系统行政执法、行政复议、行政应诉、国家赔偿等法律事务。配合重庆市司法局开展立法调研相关工作。

    5.公共法律服务管理科(行政审批科)。负责规划和推进公共法律服务体系和平台建设工作。指导、监督法律援助、律师、公证、司法鉴定、司法救助和基层法律服务工作。负责对律师事务所、公证处、基层法律服务所和律师执业证、公证员、基层法律服务工作者的相关审批登记工作。承担行政审批制度改革相关工作。具体指导全县法律服务行业党建工作。负责对律师事务所和律师实施行政处罚的调查工作。负责对基层法律服务所和基层法律服务工作者违法违纪执业行为的调查处理工作。指导、监督党政机关、企事业单位法律顾问工作。指导公职律师、公司律师工作。负责全县司法鉴定机构和鉴定人员的审查申报、资质管理相关工作和对登记的司法鉴定机构和鉴定人员进行业务指导、资质管理、监督检查等工作。负责对司法鉴定机构及鉴定人员违法违纪执业行为的调查处理工作。指导、参与全县信访稳定法律服务工作。指导社会组织和志愿者开展法律服务工作。

    6.人民参与和促进法治科。负责人民群众参与、促进、监督法治建设工作。指导人民团体、群众自治组织和社会组织参与、支持法治社会建设工作。指导基层司法所和司法助理员队伍建设。指导人民调解、行政调解工作。指导人民陪审员、人民监督员选任管理工作。指导帮教安置工作。参与社会治安综合治理和平安建设工作。

    7.社区矫正管理科(巫山县社区矫正工作管理局)。负责监督检查社区矫正法律法规和政策的执行工作。拟订全县社区矫正工作管理制度并组织实施。指导、监督对社区矫正对象的刑罚执行、管理教育和帮扶工作，承担部分刑罚执行工作。指导社会力量和志愿者参与社区矫正工作。对外以巫山县社区矫正管理局的名义开展工作。

    8.行政复议应诉科。负责承办县政府管辖的行政复议案件、国家赔偿案件；负责承办县政府应诉工作；负责承办市政府管辖的县政府行政复议案件及行政裁决案件的相关工作；负责指导、协调、监督全县国家赔偿、行政裁决和行政应诉工作；负责行政复议、行政应诉、国家赔偿案件统计等工作。调整后，法制科不再承担行政复议相关职能；县政府部门及其派出机构、法律法规授权组织不再受理行政复议案件。

    (三)设置巫峡、大昌、官渡、福田、抱龙、骡坪、庙宇、官阳、双龙、三溪、龙溪、铜鼓、红椿、邓家、两坪、建平、曲尺、笃坪、大溪、金坪、平河、当阳、培石、竹贤、高唐、龙门26个基层司法所。
  （四）设立巫山县社区矫正帮教服务中心、巫山县法律援助中心,为县司法局所属公益一类事业单位。