（一）办公室（党建与退休干部工作办公室）。负责机关日常运转工作。承担文电会务、信息宣传、机要保密、信访稳定、督查督办、考核、档案、政务公开、公务接待、国有资产管理、后勤服务保障等工作。统筹机关和所属单位党建群团及老干部工作。负责机关及所属事业单位的机构编制、干部人事、教育培训、职称评定、人才队伍建设等工作。负责机关退休干部职工服务管理工作。指导所属企业党建群团工作。
    （二）规划计划科。组织编制全县水利战略规划、中长期发展规划、综合规划、流域规划和重大专项规划。归口管理水利专业和专项规划的编制工作。负责水利改革的统筹协调。负责全县水利投资体系的建设和管理。承担全县水利建设年度投资计划的编制、上报、下达和调整，提出资金安排意见，按有关规定监管水利国有资产；承担全县水利基本建设的招标投标管理工作，以及局和所属事业单位基建工程的招标工作，主管全县水利基本建设项目前期工作。指导水利建设项目后评估工作。承担水利统计、普查工作。
    （三）水政水资源科（行政审批科）。指导水利依法行政工作。贯彻执行水法律、法规、规章和方针政策，组织拟订有关水行政管理的规范性文件和政策措施并监督实施；负责机关规范性文件和县级水利行政许可审批项目的合法性审查工作，指导水利行政许可工作并监督实施。承担县级涉水规范性文件和政策适用问题的解释和答复工作；负责水利行政监管及行政审批“一站式服务”工作，落实规范行政审批行为、改进行政审批工作的各项规定；承担水行政审批、行政处罚的听证组织工作和涉及本局的行政复议、行政诉讼、行政赔偿工作。承担实施最严格水资源管理制度相关工作。组织实施取水许可、水资源论证、用水总量控制等制度。指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配、河流生态流量水量管理、河流水生态保护与修复及河流水系连通工作并监督实施。组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源评价有关工作，组织编制并发布巫山县水资源公报。指导地下水开发利用和地下水资源管理工作。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。负责全县节约用水工作。组织拟订并监督实施全县节约用水规划，制定有关标准和管理办法；指导全县供水水源地保护工作；参与县级部门有关水费的价格制定工作。
    （四）财务审计科。编制部门预算并组织实施，承担机关并指导所属单位的财务管理和资产管理工作。拟订国有资产保值增值的考核指标并监督实施；承担全县水利工程投资计划和资金的衔接，统筹协调项目实施的资金监督管理和绩效评价。按照水利行业审计制度和业务规范，负责机关及所属单位落实重大政策、规划计划情况和财政财务收支、内部控制及风险管理的审计。负责机关及所属单位党政领导干部经济责任审计工作。负责水利行政事业性收费、重点水利建设项目、专项资金等审计监督工作。负责督促落实审计发现问题的整改。
    （五）水利工程建设监督与运行管理科。加强水利工程建设的科学规范管理，强化质量监督和安全生产直接监督，落实水利工程长效运行管护机制，实现水利工程建管一体化目标。指导水利工程建设管理及造价管理工作，落实有关制度并组织实施。指导监督骨干水源工程、饮水安全工程、病险水库整治工程、中小河流治理工程、水土保持治理工程、农村水电工程等建设项目的组织实施，指导参与水利工程蓄水安全鉴定和验收，组织实施水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。拟订全县水利安全生产发展规章制度及年度计划并监督实施。组织实施水利工程质量和安全监督。组织实施水利投资项目稽查和整改落实情况的监督检查。指导水利行业安全生产工作，组织指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。负责水利设施的管理、保护和综合利用。负责水利工程管理体制改革和农村小型水利工程确权、登记、颁证工作。组织实施水库大坝及水闸的注册登记、水库大坝安全鉴定和监测。组织编制水库运行调度规程。指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界工作。
    （六）河道管理与水文水旱灾害防御科。指导河道水域及其岸线的管理和保护工作。组织指导河道管理范围划定工作。指导江河、水库、滩涂、河口的开发、治理和保护。监督管理河道采砂工作，负责河道采砂规划和计划的编制及河道砂石资源有偿使用制度的实施。组织实施河道管理范围内工程建设方案审查和防洪论证制度。组织指导全县水文工作，组织实施全县水文水资源（含水位、流量、泥沙、水质等要素）监测工作。组织实施县级及以上水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、江河水库和水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。组织实施山洪灾害治理、水利水毁工程修复工作。
    （七）水生态建设与河长制办公室。牵头负责水生态建设工作。负责全县推进河（库）长制工作的协调、督导、考核等具体工作。起草拟订河（库）长制管理制度，承办县级总河长会议，落实县级总河长、副总河长确定的事项。拟订并分解河（库）长制年度目标任务并监督实施。承担巫山县河长办公室日常工作。
    （八）农村水利水电水保科（巫山县水土保持委员会办公室）。贯彻执行农村水利水电、水土保持法规、政策和发展规划。组织实施大中型灌排工程建设与改造和节水灌溉工作。指导实施农村饮水工程建设和农村水利社会化服务体系建设。组织编制农村水能资源开发规划，组织开展水能资源调查评价。组织指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。负责全县水土保持工作。负责全县水土流失调查、综合防治、监督管理和监测评价、预报、公告等工作。组织编制全县水土保持规划并监督实施。组织实施水土保持补偿费征收制度。组织实施生产建设项目水土保持方案制度。牵头负责水利信息化、对外交流合作及水利科技等工作。承担巫山县水土保持委员会办公室日常工作。
    （九）三峡后续与移民安扶科。负责三峡工程（巫山库段）后续工作规划的综合协调、组织实施和监督管理。负责拟订三峡后续项目年度实施方案。牵头承担三峡后续项目的审核、报批、组织实施并监督管理。牵头提出三峡后续项目年度预算分配建议方案并监督实施。牵头负责三峡后续工作专项资金绩效管理有关工作。组织实施三峡水库（巫山库段）蓄退水安全和运行调度有关工作。负责三峡水库库区基金的使用管理。牵头负责三峡水库综合监管及相关工作。承担巫山县三峡后续工作领导小组办公室日常工作。承担水利工程移民安置管理工作。组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，组织开展大中型水利工程移民安置规划和项目年度计划的评审、报批工作，配合参与新增大中型水利工程（水库）移民后期扶持人口审核、登记和申报工作。指导开展小型水利工程涉及移民安置规划方案的评审和审批工作。组织编制全县大中型水库移民后期扶持规划并指导实施。落实大中型水库移民后期扶持政策、监测评估和绩效评价工作。调查研究移民后期扶持政策实施中的重大问题并提出建议。