办公室（规划财务科）。负责机关日常运转，承担文稿起草、信息发布、科学普及、外事管理、政务公开、机要保密、督查考核、议案提案、后勤服务等工作；负责县级单位有关干部和高层次人才医疗服务管理，重要会议和重大活动的医疗卫生保障工作；负责拟订全县卫生健康事业中长期发展规划。负责卫生健康项目建设、监督和管理；负责机关和预算管理单位财务管理。负责拟订全县卫生健康系统内部审计工作规定和制度；指导和监督卫生健康系统内部审计工作。
    组织人事科。负责机关党建、群团、统战等工作；指导所属单位党建、群团、统战工作；负责机关和所属单位领导干部、后备干部的管理；联系老干部工作。贯彻落实人事人才政策，负责机关和所属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、队伍建设、医学教育、专业技术职务职称考试评聘等工作；负责机关及所属单位的党风廉政建设等工作。
　  政策法规科（行政审批科）。负责卫生健康的法制建设；牵头推进卫生健康行业“放管服”改革和行政审批制度改革；承担卫生健康依法行政的监督工作；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担有关行政复议、行政应诉等法律事务工作。承担卫生健康执法监督工作；组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、传染病防治监督检查；完善综合监督体系，指导规范执法行为。组织实施国家职业卫生、放射卫生相关政策、标准；开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作；负责全县营养健康、职业健康管理工作，协调开展职业病防治工作。负责办理群众来信来访；指导、协调有关部门处置卫生健康系统突发安全稳定事件，负责卫生健康机构安全监督管理。组织实施国家和重庆市应对老龄化的政策措施，建立和完善老年健康服务体系。
　  医政医管科（卫生应急办公室）。负责落实医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策规范和标准；承担推进护理、康复事业发展工作；负责中医科技创新体制建设，协调中医医疗服务体系建设；组织开展中医科研成果及适宜技术推广应用，组织中医药人才培训、毕业后教育、继续教育、师承教育。承担全县卫生应急和紧急医学救援工作，指导全县卫生应急体系和能力建设；组织协调医疗事故的技术鉴定、医疗纠纷的处理；负责征兵、招生体检的组织工作；承担健康扶贫工程相关工作。组织实施国家药物政策和国家基本药物制度。承担组织推进公立医院改革工作，落实巫山县深化医药卫生体制改革领导小组会议议定事项，承担巫山县深化医药卫生体制改革领导小组办公室的日常工作。
　  公共卫生科（巫山县爱国卫生运动委员会办公室）。负责指导卫生健康公共服务体系建设；负责拟订全县重大疾病防治规划、免疫规划和严重危害人民健康的公共卫生问题的干预措施并组织实施；负责完善疾病防控体系，收集上报法定报告传染病疫情信息。负责实施基本公共卫生服务、重大公共卫生服务项目，负责食品安全企业标准的备案管理；组织开展食品安全风险监测、评估和交流；负责食源性疾病及与食品安全事故有关的流行病学调查。负责指导和开展基层卫生服务体系建设和乡村医生注册、考核、聘任等相关管理工作。负责推进妇幼健康服务体系建设；负责指导病残儿医学鉴定的管理工作；负责计划生育手术并发症人员的鉴定、管理工作；　依法规范计划生育药具管理工作。组织开展健康教育、健康促进活动。负责开展群众性爱国卫生运动和各类县级卫生及健康创建活动；负责全县农村改厕、农村环境卫生监测、农村饮用水水质卫生监测及农村饮用水安全工程卫生学评价；负责全县城乡病媒生物防治工作；根据《烟草控制框架公约》做好相关工作；承担巫山县爱国卫生运动委员会的日常工作。
　  人口监测与家庭发展科。拟订全县卫生健康信息化事业发展中长期规划，承担卫生健康系统的信息化建设，负责卫生健康行业统计调查制度建设和管理；开展卫生健康行业大数据智能化应用和产业发展；承担全县人口监测预警工作并提出人口与家庭发展相关政策建议；贯彻执行国家和市级有关人口计划生育管理的政策和法规；负责落实国家和市级的计划生育特殊家庭扶助制度。